Il progetto di Municipio, affidato agli architetti portoghesi Àlvaro Siza ed Eduardo Souto de Moura, a lavori ultimati comprenderà in un unico grande nodo di interscambio le stazioni delle Linee 1 e 6 della metropolitana. La nuova piazza ipogea sarà funzionale al collegamento pedonale tra il porto e la parte monumentale della città, mentre la sistemazione urbanistica di superficie valorizzerà l'asse prospettico dalla Stazione Marittima al Palazzo del Municipio fino alla collina di San Martino.

Al centro del piazzale antistante il palazzo del Municipio è stata già ricollocata la fontana del Nettuno, il grande gruppo marmoreo al quale dalla fine del 1500 lavorarono Domenico Fontana Michelangelo Naccherino, Pietro Bernini e successivamente Cosimo Fanzago.

La vasta area di transito di Municipio ingloberà e metterà in mostra le eccezionali testimonianze archeologiche venute alla luce in occasione dei lavori di scavo per la stazione, nel corso di una delle più grandi indagini archeologiche dell'ultimo decennio. La storia rivelata dagli scavi comincia dall'antico porto di Neapolis, impiantato nell'insenatura marina che occupava parte della piazza, con i fondali, le antiche barche, la banchina di età augustea, si sviluppa con i resti dell'edilizia di età angioina sorta in coincidenza con la costruzione di Castel Nuovo alla fine del XIII secolo, e documenta i sistemi di difesa esterni al castello, realizzati prima da re Alfonso V di Aragona e poi dai viceré spagnoli, come i torrioni del Molo e dell'Incoronata, quest'ultimo già visibile nella parte della stazione aperta al pubblico.

Il dialogo costante delle architetture moderne con le preesistenze storiche recuperate al'interno e all'esterno della stazione costituisce il filo conduttore del progetto dei due architetti portoghesi, caratterizzato dalla purezza delle linee e dalla cura sapiente per le finiture in pietra lavica e intonaco bianco, nelle cui geometrie rivive la lezione dei maestri del movimento moderno.

La stazione accoglie un'unica, grande installazione di arte contemporanea, Passaggi di Michal Rovner (Tel Aviv, 1957), un "video-affresco" - come lo ha definito Achille Bonito Oliva, coordinatore artistico delle Stazioni dell'Arte - nel quale le immagini inviate da cinque proiettori di alta precisione si fondono con quelle disegnate a pastello e dipinte con colori ad acqua dall'artista direttamente sulla lunga parete bianca dell'atrio (37,70 m x 4,00 m).